在应用型人才培养相对成功的国家，如美国、德国、澳大利亚等都形成了各自成熟的校企合作模式，使这些国家不仅实现了应用型人才培养的体系化、规模化，还在一定程度上助力了国家的产业结构调整，推动了经济的快速发展。
我国高等教育校企合作在应用型人才培养方面所发挥的作用与发达国家相比，无论是在人才培养的影响上，还是培养效果上都存在明显差距。现阶段校企合作实施中普遍存在学校“唱独角戏”的尴尬，企业在合作中的这种“失位”现象，一方面是由于教学、科研实施过程中院校的主体地位造成的，另一方面是由于企业自身主观意愿造成的，由于企业的参与意愿和参与度与院校形成了明显的反差，极大地限制了校企合作机制的作用。
国内学者认为“协同创新”（collaborative innovation）是把协同的思想引入创新过程，指创新过程中各创新要素在发挥各自作用，提升自身效率的基础上，通过机制性互动产生效率的质的变化，带来价值增加和价值创造。相较于“合作”中主体各取所需的出发点，“协同”在创新的过程中更强调参与主体在达成利益认同的基础上，努力打破组织边界，实现资源要素及成果的共享和风险的共担，进而实现参与主体在协作中展现出整体性。以往的校企合作模式发展过程中遇到的瓶颈，很多都是由于其关系缺乏整体性造成的，校企间在合作中各自管理和控制自己负责的环节，扮演着各自预先设定好的角色，貌似定位清晰，实际因为缺乏一个贯穿全程的多方参与机制，极易造成合作过程中的“配角”合作意愿的减退，导致合作关系的瓦解。
校企协同机制应当是以合作方利益的一致性、目标的共同性为基础，将各自的优势资源要素进行整合，实现全方位、全程化的协作，共同推动创新活动有效实施的过程。
一、协同创新需要三个“协同”
1.目标协同
在参与主体多样化的情况下，由于主体间的立场不尽相同，势必导致其在目标及利益分配方面的诉求存在差异，造成其在后期投入的精力及资源的不对等，进而影响到协同创新的最终效果。例如政、企、校三方，政府从社会经济发展的宏观层面促成合作的开展；企业则是希望借助高校智力资源集中的优势，助力其经济效益的提升；高校看重的是提升人才培养效果，提高科研成果转化，各方目的看似交叉，但深层次利益需求方面却存在差异。可见，有效开展校企协同创新的基础，就需要参与主体间在保障自身利益需求的原则下，充分考量其他参与方的需求，以寻找到满足各方需要的利益平衡点。以利益平衡点为基础，形成能最大程度反映各方利益的校企协同创新的目标。将目标协同作为参与主体的驱动力，推动后期组织分工和任务分解的有效开展，因此，目标协同是形成校企协同创新机制的基础。
2.组织协同
在校企协同创新过程中，参与主体由于属于不同的组织机构，当多个机构共同处理问题时往往会由于组织机构间关联性不强，内部管理制度差异等原因导致运行效率低下，所以，要改变协同运行效率的困境，就需要提高组织结构的整体性，建立一个能有效保障其功能发挥的“共建共管”的组织模式。很多发达国家 “共建实体”的新模式就是一个很好的思路，如美国大学校企共建的工程研究中心、校企研发同盟等，都是在多方参与的基础上，在组织方式上的创新，其有效地改变了过往校企合作中运行主体多为高校的模式，使得校企间形成真正意义上的组织一体化，实现了企业参与创新活动的管理过程。共建实体能有效提高企业在合作中的参与度，改变了传统的参与主体间的沟通协调模式，提高协同创新的运行效率。因此，组织协同是推进校企协同创新机制的保障。
3.文化协同
在跨国并购中存在著名的“七七定律”：70%的并购没有实现预期的商业价值，而其中又有70%失败于并购后的文化整合。这反映出影响整合成败的一个关键因素就是文化。企业文化差异已然巨大，在校企协同创新中，高校、企业甚至政府间的文化差距更是存在巨大的落差。文化由于是长久形成的一种思维方式，影响着组织成员的认知模式和行为方式，如果文化间存在差异乃至对立，就极容易导致在行动上的冲突，反之存在共同认同感的文化对促进成员间协作一致有积极意义，因此必须重视这种隐性的差异所带来的深远影响。在进行校企协同创新机制建设中，参与主体要正视文化差异存在的客观性，在尊重彼此文化的基础上，寻求文化方面的理解、学习、渗透并努力实现融合，将其视为丰富自身文化内涵的机会。共同文化的形成将从深层次保证协作机制运行的一致性和长久性，使文化协同成为校企协同创新机制运行的根基。
二、校企协同创新面对的困局
1.经济利益层面
企业作为经济组织，其所开展的活动多以收益水平作为其价值评价标准。随着现在产品研发、人才培养等方面所需的费用日益扩大，增加了企业的经济负担，企业也希望能够寻找到有效的途径来减轻自己在这方面的压力，从这个角度出发，如果企业与高校进行资源、要素的有效整合，在经济方面能够起到有效减轻企业经济压力的作用，这是促使企业与高校构建校企协同机制的驱动力。因此企业在寻找合作伙伴的进程中，除了考量高校的相应专业领域的水平外，同时也是在考察潜在合作伙伴经济方面的实力，比如其在科研方面的经费投入力度。而现有教育资源不平衡的情况下，导致校企协同创新较为成功案例更多地集中在经济相对发达的地区，而吸引企业的一部分原因正是看中该地区对高校经费方面的投入力度，因而导致部分经济欠发达地区的校企协同机制的构建存在一定的困难。
另外，企业在构建校企协同创新机制的过程中也会评估其维持该机制所需要付出的费用，如共同研发的费用、设施设备建设或采购费用、人员培训费用、共建机构的运营费用等，这些费用的合理性和经济性也会很大程度上影响到企业的决定，例如，高校聘请企业人员担任教学任务，学校一般会承担课时费，但其往来的交通、住宿等费用则不包含在内，而企业也不会在这方面给予补偿。因此当投入产出比达不到要求时，无论是企业还是个人都会选择放弃，协同机制也就很难构建和发挥作用。
2.组织结构层面
企业的组织结构无论采用什么形式都是基于企业自身定位和发展需求来设定的，对企业来说好的组织结构应当是精简而高效的，因此在绝大多数企业中是没有专设的部门来负责与高校进行沟通和联系的，而这就可能导致在与高校等合作伙伴进行沟通、协调的方面存在一定的问题，例如，现在很多校企合作都是通过人事部门进行联系，而要人事部门负责协调校企间关系乃至企业内部机构与高校的关系，显然是很困难的。而沟通机构的缺失或者不健全，则会影响到协同的实际效果。
其次，由于组织间存在不同的运行机制，也会影响到协同的有效开展。校企协同过程中，企业与高校拥有各自独立的组织运行机制，其能否有效协调一致会影响到合作的效果，如安排学生在企业实习，就需要将双方的运行机制进行协调，但由于高校的教学运行机制相对固定，而企业的工作运行机制相对灵活，就可能会导致实习无法有效取得预期成效。例如，物业管理按阶段可以分为前期物业管理和日常物业管理等阶段，前者包括入伙及装修等内容，但学生进入单位实习期间不能保证合作企业有项目正处在该阶段，也自然无法保证学生能够接触和实践入伙和装修中相关知识，影响到预先设定的人才培养目标的达成。
3.风险控制层面
经营过程对各种潜在风险的识别和控制是企业管理过程中的一个不能回避的话题，成功的企业正是在规避或者控制风险方面取得了效果。在校企协同创新机制的构建过程中，企业也必然会对协同过程中可能产生的风险进行全面的评估，例如产品研发中可能存在无法达到预期或失败的风险；联合培养人才无法满足企业用人标准的风险；人才培养达到成效但人才过快流失的风险等。这些潜在风险的存在，加之企业对风险控制的认知程度不同，风险管控的方法及能力存在差异，导致部分企业在寻找潜在协作对象的过程中，或是在后期投入方面表现得十分谨慎。
4.控制权层面
企业间的合作屡见不鲜，但是成功的却是少数。企业间的确存在一定的竞争关系，但他们不是天生的敌人，而影响其合作成效的一个重要因素是基于利益产生的企业间对控制权的必然追求，当这种控制权无法达到一种平衡的状态，合作也就无法进行下去。企业对控制权的这种渴望，在过往的校企合作模式中往往被忽视，企业一旦在这种关系中成为配角或者参与者，就会产生不安全感，这就导致企业或是积极需求获得主导权、或是选择逐步放弃，而无论哪种行为实际上都会对合作关系产生消极的影响。
5.文化层面
参与主体间的文化越相似，文化认同度越高，相互之间的接纳程度也越高，越有助于后续整合的有序进行。虽然企业在文化方面存在差异，但也有一定的共性，如重视效率、看重执行能力、注重最终结果等，而高校在文化方面则表现得更为宽松、更具动态性、更重视过程的控制。文化上的这种差异在一定程度上影响到了校企之间的认同程度，沟通方式乃至合作模式。过大的文化差异会造成企业在合作过程中融入存在一定障碍，影响其持续投入的意愿。
三、破解协同困局，共享创新红利
政府虽然在很多校企合作中并不是直接的参与者，但是有政府参与或制度保障的合作在效果上会更加突出。因此，政府应发挥其在政策法规制定中的积极角色，进一步完善校企协同创新机制构建的政策法规，发挥政策导向性作用，积极引导企业、高校加强交流和协作，以政策为保障，消除企业在经济方面和风险控制方面的顾虑，助力校企间充分、有效地开展协同创新。例如，重庆市教委实施的“双千双师”交流计划，就是有序推进校企之间进行人才交流的有益尝试，其中企业技师和高校教师到对方单位任职的时间及待遇、与原单位的关系、回原单位后的职务晋升等内容都进行了明确规定，减少了双方在以往合作中存在的顾虑，极大地提高了企业参与校企协同创新的积极性，也为校企间关系的维持提供了有效的保障。
要打破校企间的组织边界，尝试共建组织平台。政府、高校、企业乃至行业协会，应努力改变以往一家牵头、多方参与的模式，尝试共建协同创新的组织或平台，首先，能从身份上让“参与者”都变成“合伙人”，保障参与主体在组织中的地位平等，提高各方的参与热情和归属感；其次，从组织结构上真正实现多个参与主体全程参与、共同管理，解决以往条块分割、各自为政的情况，提高校企协同创新的效率，真正实现跨机构的共同治理机制的形成。
要实现校企协同创新机制的长效性除了制度方面的保障之外，提高校企间彼此的认同感也是非常必要的。因此，校企间要尝试推进文化融合，积极寻找双方文化中的共通点，以此为契机促进融合。